En 2007 las circunstancias cambiaron y Donaldson también cambió de rumbo. Tras las conversaciones en Escocia, el veterano fundador y líder del DUP, el reverendo Ian Paisley, puso fin a su oposición al Acuerdo del Viernes Santo y el DUP entró en coalición, en la asamblea descentralizada de Belfast, con el Sinn Fein, antiguo ala política del IRA. Donaldson, aunque mantuvo su escaño en el parlamento de Londres, también fue miembro de la asamblea de poder compartido de Belfast, donde sirvió durante un año como ministro junior.
Su etapa como líder del DUP estuvo dominada por su respuesta al Brexit.
En 2021 se convirtió en líder del DUP después de que las luchas internas derrocaran a sus dos líderes anteriores, Arlene Foster y Edwin Poots, con pocas semanas de diferencia.
Aunque Irlanda del Norte había votado, en general, a favor de permanecer en la Unión Europea en el referéndum sobre el Brexit de 2016, Donaldson, que lideraba el DUP desde Westminster, alineó el sindicalismo con la facción más dura del Brexit en el Partido Conservador Británico. Liderado por el entonces Primer Ministro Boris Johnson, este grupo quería una retirada completa de todas las instituciones de la Unión Europea, incluidos los protocolos aduaneros, manufactureros, ambientales y veterinarios que permitían el libre comercio y movimiento a través de la frontera irlandesa.
En Irlanda y en el extranjero, una frontera irlandesa sin fricciones se consideraba esencial para preservar el statu quo pacífico que siguió al Acuerdo del Viernes Santo. Entonces, cuando el gobierno del Reino Unido acordó, bajo fuerte presión de la UE y los Estados Unidos, imponer controles aduaneros y comerciales entre Irlanda del Norte y el resto del Reino Unido, en lugar de en la frontera irlandesa, Donaldson protestó utilizando el discurso del DUP. veto de poder compartido para colapsar el gobierno delegado en Irlanda del Norte en 2022.
Después de dos años de que Irlanda del Norte no tuviera un gobierno funcional y de que su partido perdiera apoyo frente a los de línea dura y moderada de ambos lados, Donaldson finalmente acordado reactivar la asamblea en enero de este año.
