Un nuevo estudio de datos genéticos de un mercado en Wuhan, China, dijo que los datos no respaldaban el caso de que la pandemia había comenzado con animales comercializados ilegalmente, lo que provocó un nuevo debate sobre las muestras que otros científicos ven como piezas críticas del rompecabezas de cómo el coronavirus llegó a los humanos.
El nuevo estudioque examinó las cantidades relativas de material animal y viral en hisopos tomados de superficies en el mercado a principios de 2020, dijo que era difícil sacar conclusiones sobre si las muestras dadas del virus procedían de animales vivos infectados o simplemente de una contaminación incidental.
Pero varios expertos externos dijeron que el análisis, publicado en línea esta semana por el autor del estudio, Jesse Bloom, virólogo del Centro Oncológico Fred Hutchinson, podría haberse visto afectado por una serie de variables desconocidas y decisiones sobre cómo filtrar los datos.
Por esas razones, dijeron, los hallazgos no influyeron mucho en su impresión de estudios previos. Las muestras del mercado que contenían material genético animal y viral, dijeron, eran consistentes con la posibilidad de que un animal allí, tal vez un perro mapache, hubiera propagado el virus a las personas, pero no probaban que eso hubiera sucedido.
“Creo que hay una posibilidad bastante razonable de que recogieran un perro mapache infectado, pero eso no prueba que ese fuera el origen”, dijo Frederic Bushman, microbiólogo de la Universidad de Pensilvania que se especializa en analizar muestras como las tomadas del Wuhan. mercado, pero que no participó en ninguno de los estudios de mercado. “No creo que el artículo de Bloom cambie mucho mi forma de pensar”.
investigadores chinos escribió sobre los datos del mercado el año pasado y luego puso a disposición las secuencias genéticas este año, lo que permitió que un equipo de científicos internacionales las estudiara. Ese equipo escribió en un informe el mes pasado que, según los datos, no pudieron identificar de manera concluyente un animal que hubiera transmitido el virus a las personas.
Pero dijeron que los datos confirmaron que los animales que se creía que eran susceptibles al virus, como los perros mapache y las civetas de palma enmascaradas, un pequeño mamífero asiático implicado en el brote de SARS hace dos décadas, se vendían en el mercado a fines de 2019. Muchos de los Los primeros pacientes de Covid-19 también trabajaron o compraron en el mercado.
Debido a que el mercado era uno de los únicos cuatro lugares en Wuhan que se informó que vendía animales vivos del tipo que plausiblemente podría propagar el virus, los científicos dijeron que era poco probable que tantos pacientes tempranos estuvieran vinculados al mercado por pura casualidad. Dijeron que los datos genéticos también se basaron en otra evidencia, incluido que dos linajes tempranos del virus habían estado en el mercado.
El estudio de esta semana tomó un enfoque diferente para analizar las secuencias de genes.
El Dr. Bloom investigó si la cantidad de material genético del virus se correlacionaba con la cantidad de material genético de especies animales susceptibles en las muestras. Si una especie en el mercado fuera abrumadoramente responsable de la eliminación del virus, dijo en una entrevista, habría esperado ver un vínculo claro entre la cantidad de material genético del virus y la cantidad de esa especie.
Pero el estudio no encontró correlaciones claras de ese tipo. En cambio, las correlaciones más fuertes involucraron varios pescados vendidos en el mercado que no podrían haber sido infectados, una indicación de que las personas infectadas probablemente habían depositado material viral donde estaba el pescado.
El Dr. Bloom dijo que el hallazgo sugería que el virus, también conocido como SARS-CoV-2, se propagó ampliamente en el mercado cuando se recolectaron los hisopos a principios de 2020.
“De la misma manera, no deberíamos leer mucho sobre el hecho de que hay un montón de SARS-CoV-2 mezclado con muestras de lubina y bagre, tampoco deberíamos leer mucho sobre el hecho de que hay una muestra de perro mapache. con una lectura de SARS-CoV-2”, dijo el Dr. Bloom.
Pero expertos externos dijeron que varias características de las muestras podrían desbaratar los esfuerzos para correlacionar material animal y viral. Los científicos internacionales dijeron en su informe que habían considerado realizar un análisis similar, pero que corría el riesgo de producir resultados engañosos. El Dr. Bloom reconoció que «es una pregunta abierta si eso es algo informativo para calcular».
El material genético del virus se degrada rápidamente, dijo Christopher Mason, especialista en muestreo ambiental en Weill Cornell Medicine. De manera crucial, el material viral puede descomponerse a un ritmo diferente que el material de los animales, lo que dificulta compararlos en las muestras recolectadas en el transcurso de las semanas posteriores al cierre del mercado.
Podría ser que los peces estuvieran más estrechamente asociados con el virus simplemente porque es probable que hayan sido congelados o refrigerados, lo que ralentiza la descomposición del material viral en esas muestras, dijo Tom Wenseleers, biólogo evolutivo de KU Leuven en Bélgica.
El análisis más reciente “confirma que mirar este tipo de correlaciones no dice casi nada con respecto a qué especie huésped podría haber sido una fuente plausible de la pandemia”, dijo el Dr. Wenseleers. Esto deja a los científicos en la misma situación que antes, dijo, con datos de mercado que no ofrecen evidencia concluyente de ningún escenario de origen en particular.
El nuevo estudio también analizó de cerca un hisopo de un carrito en el mercado en el que el equipo internacional había encontrado un rastro del virus junto con firmas genéticas de perros mapaches, pero no material genético detectable de humanos.
El Dr. Bloom escribió que el hisopo tenía solo una cantidad minúscula de material viral y que no estaba claro por qué los investigadores chinos habían clasificado el hisopo como positivo para covid. Su estudio dijo que el hisopo era el único que tenía cantidades sustanciales de material genético de perro mapache con rastros del virus.
Sin embargo, algunos científicos dijeron que el análisis del Dr. Bloom corría el riesgo de descartar otros hisopos positivos para covid al establecer una barra demasiado alta para la cantidad de material genético animal en una muestra.
El Dr. Bushman, de la Universidad de Pensilvania, dijo que el umbral utilizado en el análisis fue “agresivo” y que lo mejor era comparar los resultados obtenidos a partir de una serie de puntos de corte diferentes.
Usando un umbral más sensible, el equipo internacional de científicos identificó múltiples muestras positivas para covid que contenían material genético de perro mapache, así como otras con firmas genéticas de diferentes animales que se cree que son susceptibles al virus.
Alexander Crits-Christoph, biólogo computacional de la Universidad Johns Hopkins que ayudó a dirigir el análisis del equipo internacional, dijo que el equipo también analizó de cerca si los investigadores chinos habían estado en lo correcto al describir el hisopo del carro como positivo para el virus.
Señaló que varios otros hisopos del mismo puesto fueron claramente positivos para el virus. Dijo que los resultados del muestreo en otras partes del mercado también indicaron que, a diferencia del hisopo del carrito, la mayoría de los hisopos verdaderamente negativos no contenían ningún rastro del virus.
“Esta es una muestra ambiental de un virus que es una pequeña aguja en un pajar”, dijo el Dr. Crits-Christoph.
